שיטת הפלייאוף בסדרות בוטלה ובמקומה הונהגו שני שינויים: סיבוב שלישי נוסף לעונה הרגילה ובסיומו ארבע הראשונות העפילו לראשונה בישראל לפיינל פור שנערך בשיטת נוקאאוט. מהלת הליגה איפשרה לרשום רק ארבעה שחקנים זרים בטופס המשחק, ללא קשר למספר הזרים הרשומים לכל קבוצה. מ.ס. רמת אפעל ויתרה על העלייה לליגת העל עקב כך נשארה הליגה עם 11 קבווצות, מה שגרם לקבוצה חופשית אחת בכל מחזור.
הסיפור המעניין של עונת 05/06 היה של גבעת שמואל. הקבוצה כבר היתה על סף ירידה אבל אז הגיע אליה המאמן עופר ברקוביץ' וסחף אותה לתשעה נצחונות רצופים בסיבוב השלישי שהשאירו אותה בליגה. סיפור מעניין היה גם להפועל ת"א של המאמן אפי בירנבוים ששיחקה בעונה זו לא פחות מ-9 הארכות, כולל 3 באותו משחק מול נהריה.
מי שהפתיעה את הליגה היתה מכבי ראשון לציון עם גיא גודס על הקווים. שני מחזורים לסיום העונה הבטיחה ראשון לציון את השתתפותה בפיינל פור לאחר 14 שנים בהם השתרכה באמצע הטבלה או בתחתית. מי שעוד העפילו לפיינל פור הן מכבי ת"א, הפועל ירושלים אותה אימן הצעיר דן שמיר ועירוני נהריה. שאראס אמנם עזב את מכבי ועבר לNBA אבל הצמד פארקר ושאראס עם וויל סולומון, מייסיאו באסטון וילד בן 17 בשם עומרי כספי, זכתה באליפות לאחר נצחון ב-30 הפרש מול ירושלים במשחק על האליפות. מכבי זכתה גם בגביע המדינה, גם שם ניצחה את ירושלים, הפעם רק 91-96.
בתחתית מצבה של רמת השרון היה רע מתחילת העונה ולמרות החלפה של זרים רבים, הקבוצה של מיקי ברקוביץ' נשרה לליגה השניה.
| טבלת הליגה - עונת 2005-06 | ||||||||||||||||||||||||
| # | שם הקבוצה | נק' | סה"כ | בית | חוץ | |||||||||||||||||||
| משחקים | סלים | ממוצעים | משחקים | סלים | ממוצעים | משחקים | סלים | ממוצעים | ||||||||||||||||
| מש' | נצ' | הפ' | זכות | חובה | +/- | זכות | חובה | מש' | נצ' | הפ' | זכות | חובה | זכות | חובה | מש'' | נצ' | הפ' | זכות | חובה | זכות | חובה | |||
| 1 | מכבי ת"א | 56 | 30 | 26 | 4 | 2776 | 2334 | +442 | 92.5 | 77.8 | 15 | 15 | 0 | 1385 | 1071 | 92.3 | 71.4 | 15 | 11 | 4 | 1391 | 1263 | 92.7 | 84.2 |
| 2 | הפועל י-ם | 53 | 30 | 23 | 7 | 2578 | 2364 | +214 | 85.9 | 78.8 | 15 | 12 | 3 | 1302 | 1172 | 86.8 | 78.1 | 15 | 11 | 4 | 1276 | 1192 | 85.1 | 79.5 |
| 3 | ראשל"צ | 47 | 30 | 17 | 13 | 2551 | 2427 | +124 | 85 | 80.9 | 15 | 12 | 3 | 1245 | 1114 | 83 | 74.3 | 15 | 5 | 10 | 1306 | 1313 | 87.1 | 87.5 |
| 4 | נהריה | 47 | 30 | 17 | 13 | 2561 | 2450 | +111 | 85.4 | 81.7 | 15 | 8 | 7 | 1286 | 1218 | 85.7 | 81.2 | 15 | 9 | 6 | 1275 | 1232 | 85 | 82.1 |
| 5 | גליל עליון | 44 | 30 | 14 | 16 | 2605 | 2602 | +3 | 86.8 | 86.7 | 15 | 9 | 6 | 1350 | 1276 | 90 | 85.1 | 15 | 5 | 10 | 1255 | 1326 | 83.7 | 88.4 |
| 6 | אשקלון | 43 | 30 | 13 | 17 | 2436 | 2496 | -60 | 81.2 | 83.2 | 15 | 6 | 9 | 1214 | 1261 | 80.9 | 84.1 | 15 | 7 | 8 | 1222 | 1235 | 81.5 | 82.3 |
| 7 | הפועל ת"א | 43 | 30 | 13 | 17 | 2314 | 2376 | -62 | 77.1 | 79.2 | 15 | 9 | 6 | 1179 | 1143 | 78.6 | 76.2 | 15 | 4 | 11 | 1135 | 1233 | 75.7 | 82.2 |
| 8 | ג. שמואל | 43 | 30 | 13 | 17 | 2518 | 2667 | -149 | 83.9 | 88.9 | 15 | 7 | 8 | 1314 | 1348 | 87.6 | 89.9 | 15 | 6 | 9 | 1204 | 1319 | 80.3 | 87.9 |
| 9 | בני השרון | 42 | 30 | 12 | 18 | 2416 | 2560 | -144 | 80.5 | 85.3 | 15 | 7 | 8 | 1221 | 1311 | 81.4 | 87.4 | 15 | 5 | 10 | 1195 | 1249 | 79.7 | 83.3 |
| 10 | עירוני ר"ג | 40 | 30 | 10 | 20 | 2372 | 2605 | -233 | 79.1 | 86.8 | 15 | 8 | 7 | 1266 | 1285 | 84.4 | 85.7 | 15 | 2 | 13 | 1106 | 1320 | 73.7 | 88 |
| 11 | רמה'ש | 37 | 30 | 7 | 23 | 2437 | 2683 | -246 | 81.2 | 89.4 | 15 | 5 | 10 | 1259 | 1344 | 83.9 | 89.6 | 15 | 2 | 13 | 1178 | 1339 | 78.5 | 89.3 |
.png){kind=logo}
.png){kind=logo}
סל
